Bagian Periodontologi atau yang saat ini dikenal dengan Departemen Periodonsia FKGUI berdiri sejak tahun 1965. Tokoh pemrakarsa dan pendiri departemen ini adalah (Alm) Prof. Siti Wuryan Prayitno, drg, SKM, MSc, Ph.D, Sp.Perio(K) dan (Alm) Prof. Prijantojo, drg., Sp.Perio. Beliau beserta segenap senior merintis dan mengajarkan ilmu periodonsia di Indonesia. Pada tahun 1984, Program Studi (PS) Spesialis Periodonsia FKGUI berdiri berdasarkan SK Dikti No. 139/DIKTI/Kep/1984 dan semakin berkembang pesat. Departemen dan PS memberikan kesempatan kepada mahasiswa S1 dan Profesi untuk mendapatkan kompetensi, serta memperdalam keilmuan di bidang medisin periodontal, terapi periodontal regeneratif, bedah periodontal rekonstruksi, implan gigi, terapi multi disiplin ilmu, dan penelitian periodontal bagi mahasiswa spesialis. PS Periodonsia terakreditasi “A” oleh LAM-PTKes No:0554/LAM-PTKes/Akr/Spe/V/2016 ditahun 2016. Pendidikan yang diberikan bersifat evidence-based dan research-based, dibimbing oleh staf-staf pengajar yang kompeten, serta ditunjang dengan fasilitas Rumah Sakit Gigi Mulut UI, teknologi, sarana, dan prasarana yang terbaik. Departemen Periodonsia menjalin kolaborasi nasional dan internasional dalam bidang pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat.